Pommes de terre Identifier une variété à partir de son ADN

Bénédicte Normand Terre-net média

Les exigences en matière de traçabilité demandent de plus en plus de garanties sur l’identité variétale. Dominique Mingeot, du département biotechnologie du centre wallon de recherche agronomique (CRA-W), fait le point sur l’authentification variétale par analyse d’ADN.

Traditionnellement, l’identification variétale se fait par l’observation de critères morphologiques. Cette technique nécessite souvent une plante entière et complètement développée. L’environnement peut parfois modifier l’aspect de la plante, rendant l’identification difficile. Grâce à l’utilisation de marqueurs moléculaires d’ADN, ces difficultés peuvent être contournées.  « L’ADN est présent et identique dans chaque cellule de chaque organe ; les marqueurs moléculaires offrent dès lors la possibilité de travailler à partir de n’importe quel organe : feuille, tubercule… » explique Dominique Mingeot. « Pas besoin de la plante entière, un petit morceau suffit et le nombre de caractères que l’on peut vérifier est quasiment illimité. »

Une alternative à l'identification morphologique

L’intérêt majeur de la technique est de pouvoir déterminer la variété d’un échantillon de manière fiable, en toute saison, à n’importe quel stade du développement de la plante et à partir de n’importe quel organe. « Nous disposons à l’heure actuelle d’un outil permettant, à partir d’une feuille ou d’un tubercule, d’authentifier l’identité variétale par comparaison à un témoin de référence de la variété considérée. Dans ce cadre, le département biotechnologie du centre de recherche met en place une procédure en vue de l'obtention d'une accréditation selon la norme ISO 17025. » Le CRA-W n’est pour le moment pas en mesure d’identifier une variété inconnue  : « L'identification par des marqueurs moléculaires se fait en comparant les empreintes génétiques des échantillons aux empreintes de référence des variétés. Cela nécessiterait l’existence d’une base de données des empreintes génétiques des variétés multipliées en Belgique. »

 


Une identification par marqueurs moléculaires d'ADN permettra de savoir si ce lot est bien de variété Franceline (© Terre-net)

 

Différentes raisons incitent à demander une identification variétale : « Certains nous envoient des échantillons lorsqu’ils reçoivent une grande quantité de tubercules et qu’ils veulent s’assurer que la variété livrée est bien celle attendue. Nous avons aussi le cas des champs de multiplication où il y a des soupçons de mélanges. » La technique de l’authentification variétale est aujourd’hui ouverte à tous : l’identification d’un échantillon coûte 50 à 75 €. « Que l’on teste un ou plusieurs échantillon, le travail est le même » précise Dominique Mingeot, pour expliquer la fourchette de prix. Si un tubercule est suffisant pour effectuer le test, il est cependant conseiller d’en fournir deux, afin de confirmer la réponse. Les résultats sont disponibles sous 3 à 4 jours.

 La technique utilisée par le CRA-W

Le CRA-W utilise des marqueurs moléculaires pour identifier les variétés. Ce sont des séquences d’ADN qui présentent des variations d’une variété à l’autre. La technique mise en œuvre au CRA-W utilise un type précis de marqueur moléculaire : le microsatellite. Il s’agit d’une séquence d’ADN constituée de répétitions d’un même motif. Suivant les variétés, le nombre de répétitions du motif diffère.

 

Dominique Mingeot décrit la méthode : «  Pour comparer les empreintes génétiques des 2 variétés, l’ADN est extrait des cellules à partir d’un échantillon. Au sein de cet ADN, la séquence microsatellite est multipliée en des millions de copies par un procédé appelé PCR (Polymérase Chain Réaction ), une molécule fluorescente accrochée à chaque exemplaire de la séquence multipliée permet de visualiser cette dernière. Enfin, la différence de taille entre les séquences des 2 variétés est mise en évidence par électrophorèse : les molécules d’ADN se déplacent dans un gel d’acrylamide sous influence d’un courant électrique ; la vitesse de déplacement étant fonction de la taille des fragments. Chaque marqueur moléculaire va donc donner une empreinte génétique de chaque variété ; cette empreinte peut se comparer à un code barre permettant d’identifier la variété.


 


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