Focus Les nouvelles techniques génomiques en 4 questions

Les NGT : qu’est-ce que c’est ?

Les NGT (New Genomic Techniques), pour nouvelles techniques génomiques, ou NBT (New Breeding Techniques), pour nouvelles techniques d’amélioration des plantes (NTAP) en biologie végétale, sont de nouveaux outils moléculaires permettant de cibler précisément une séquence du génome afin d’y apporter un changement.

Contrairement aux anciennes techniques de modification du génome, qui ont donné lieu aux organismes génétiquement modifiés (OGM), la technique Crispr-Cas, la plus employée actuellement et sur laquelle cet article se focalisera, permet d’obtenir des plantes sans introduction d’ADN exogène. Ainsi, la plante acquiert le gène ou la mutation désirée, comme cela pourrait se produire naturellement ou par croisement entre deux géniteurs.

Statistiquement, toute modification induite par Crispr-Cas a émergé ou pourrait émerger chez la plante, du simple fait des mutations qui se produisent naturellement et en permanence dans le vivant.

Quels sont les caractères travaillés ?

L’ensemble des caractères que les obtenteurs cherchent à améliorer par sélection « traditionnelle » sont en mesure d’être obtenus via les NGT. Cependant, cette sélection peut prendre plus ou moins de temps selon le nombre de gènes impliqués dans l’expression du caractère.

Ainsi, une variété résistante à un pathogène peut être obtenue relativement rapidement dès lors que ce caractère est contrôlé par un seul gène, alors que beaucoup plus d’années peuvent être nécessaires avec des résultats contrastés pour des caractères complexes tels que le rendement ou la tolérance à la sécheresse. Un prérequis pour éditer une variété est de connaître l’ensemble des gènes et leurs interactions dans l’établissement du caractère recherché, ce qui est encore loin d’être le cas pour les derniers caractères cités. Pour la pomme de terre, un certain nombre de caractères ont d’ores et déjà été travaillés via les techniques d’édition de gènes.

Quel est le statut des NGT ?

Actuellement, toutes les NGT sont régies par la directive OGM datant de 2001 et considérées comme telles. Seules les variétés issues de la sélection « traditionnelle » et de mutagenèse aléatoire (à partir de radiations UV ou d’agents chimiques mutagènes) sont exemptes de ce cadre réglementaire. Néanmoins, le statut de plantes obtenues à l’aide de certaines NGT est en train d’être revu par la Commission européenne.

En effet, cette dernière a édité un rapport en avril 2021 qui concluait que « la législation n’est pas adaptée à certaines nouvelles techniques d’édition génomique ». Et, le 5 juillet 2023, elle a publié une proposition de projet de règlement allant dans ce sens, projet amendé et voté par le Parlement européen début 2024, mais sur lequel le Conseil de l’UE ne s’est pas mis d’accord.

Ainsi, les plantes issues des nouvelles techniques génomiques seraient classées en deux catégories : celles qu’on pourrait obtenir théoriquement par sélection traditionnelle (les NGT-1 obtenues par mutagenèse dirigée ou cisgenèse sans matériel génétique exogène) et les autres (les NGT-2 avec du matériel génétique exogène). Cependant, les élections européennes de juin 2024 pourraient remettre en cause les précédents débats…

En plus d’une veille active sur le sujet par BPI et Inov3PT, cette dernière a été/est impliquée dans différents projets de recherche partenariale. Ainsi, ses équipes de génétique et techniques de sélection, ainsi que de virologie ont participé au projet national Potato-Crisp (2016-2018), qui consistait à éditer un gène chez la pomme de terre grâce à la stratégie Crispr-Cas9 afin d’obtenir une variété résistante au virus Y de la pomme de terre (PVY). Dans la continuité du projet PotatoCrisp, Inov3PT participe actuellement au projet européen Genebecon (www.genebecon.eu) « Capturing the potential of gene editing for a sustainable bioeconomy ». En français : appréhender le potentiel de l’édition génétique pour une bio-économie durable. Le rôle d’Inov3PT au cours de ce projet est de caractériser génotypiquement et phénotypiquement des pommes de terre éditées pour résister au PVY.

Même si ces techniques sont autorisées au sein de l’Union européenne, à la suite des débats entre ses membres, nous sommes encore loin d’obtenir la variété de pomme de terre idéale. Les avancées majeures dans le domaine de la biologie moléculaire ont néanmoins de bonnes chances de bouleverser le domaine de la sélection végétale dans les années à venir.