A l'arrivée des orchidées, les services douaniers ont contrôlé un chargement originaire de Madagascar, accompagnés de permis inapplicables d'exportation de l'île et d'importation en France. Les orchidées avaient en effet été prélevées dans la nature, et non reproduites artificiellement comme indiqué.
Un expert français et un expert étranger ont aidé à déterminer l'origine des orchidées, ce qui a pris plusieurs jours, avant que les fleurs ne soient saisies le 16 mars. Les pieds, remis momentanément au Muséum d'histoire naturelle de Dijon, sont partis à la fin du congrès avec des représentants de Cherbourg pour le muséum de cette ville.
Les propriétaires initiaux de ces orchidées n'ont pu vendre que quelques pieds sur leur stand, sur les 2.000 qu'ils avaient apportés. Outre la saisie, ils encourent une amende, d'après le directeur adjoint des douanes de Dijon, Sylvain Carpentier.
Les contrôles durant ce 18ème congrès mondial ont été réalisés avec les services de la Direction nationale de l'Environnement, de l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS) et de la gendarmerie. Au lendemain de la clôture du congrès, l'ONCFS avait fait état d'une saisie de 1.839 plants d'orchidées, provenant des Philippines, qui étaient vendus sans permis. Leurs propriétaires les ont récupérées en fin de congrès, moyennant une amende.
Trois autres dossiers portant sur de petites quantités ont été réglés par des amendes douanières.
La plupart des orchidées sauvages sont inscrites à l'annexe II de la Convention sur le commerce international des espèces de la faune et de la flore menacées (CITES). Leur détenteur doit obligatoirement produire des certificats d'importation et d'exportation.