Le siège de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles (FNSEA) est situé rue de la Baume, dans le VIIIème arrondissement de Paris. La Confédération paysanne avait affirmé mardi soir que son siège à Bagnolet (Seine-Saint-Denis) avait été perquisitionné le même jour par des policiers de la brigade financière et ajouté que d'autres syndicats avaient reçu la visite des enquêteurs. L'enquête judiciaire a été ouverte en janvier 2002 par le parquet de Paris sous la forme d'une enquête préliminaire.
En juin 2004, une instruction a été confiée au juge Henri Pons. L'affaire porte sur un système présumé opaque de versements de fonds de l'Association nationale pour le développement agricole (Anda) aux syndicats agricoles. L'Anda aurait versé des fonds à la FNSEA et à plusieurs autres syndicats agricoles dans des conditions jugées contraires à la réglementation en vigueur par un rapport de l'Inspection générale des finances (IGF) de décembre 1999.
L'enquête confiée à la brigade financière avait été diligentée à la suite de la découverte de documents lors d'une perquisition au ministère de l'Agriculture dans le cadre d'une information judiciaire du juge Henri Pons qui concerne des détournements de fonds présumés au profit de la FNSEA. Ce dossier est actuellement en attente de réquisitions de la part du parquet. L'Anda a été remplacée par l'Agence du développement agricole et rural (Adar) courant 2003 en raison notamment de la disparition des taxes parafiscales qui finançaient cet organisme créé dans les années 1960.