En avril 2005, le Conseil régional avait décidé en assemblée plénière d'adopter un règlement d'intervention excluant des dispositifs d'aide les entreprises fabriquant des produits étiquetés "organismes génétiquement modifiés" (OGM). Après avoir reçu deux refus successifs du président du Conseil régional, Alain Rousset (PS), de retirer ce règlement, la préfecture avait saisi la juridiction administrative en mars 2006 au motif qu'il constituait "une atteinte au principe de la libre concurrence".
Le commissaire du gouvernement s'en est tenu à des arguments de droit et a demandé le rejet de la requête préfectorale en annulation effectuée "hors délai". L'avocat du Conseil régional Me Cyril Cazcarra a souligné pour sa part que le choix de la Région répondait "à des notions objectives rationnelles". "La politique régionale dans le secteur agroalimentaire s'oriente vers des productions de qualité, labellisées", a-t-il notamment argumenté. La décision a été mise en délibéré à une date non précisée.
