Le CGAAER est présidé par le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt. Il assure à la demande du ministre, des missions de conseil, d'expertise, d'évaluation, d'audit et d'inspection.
Alain Moulinier était président de section au CGAAER. Ingénieur général des ponts, des eaux et des forêts, il a aussi été directeur général de la forêt et des affaires rurales au ministère de l'agriculture pendant cinq ans, directeur général de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture et directeur général de l'Office national interprofessionnel des céréales.
