Mais l'ensemble du budget du ministère, avec les sommes inscrites dans les autres missions (enseignement, recherche et sécurité sanitaire), s'élève à "un peu plus de 5 milliards d'euros", a-t-on souligné dans l'entourage du ministre Dominique Bussereau. En 2005, le ministère avait été doté de 4,89 milliards d'euros. Le ministère de l'Agriculture s'est refusé à comparer l'évolution en pourcentage des budgets 2005 et 2006 en raison de la nouvelle présentation budgétaire (LOLF). Les effectifs diminuent de 205 postes sur un total de 13.045 emplois dans la mission agriculture (et de plus de 40.000 pour tout le ministère en comptant l'enseignement agricole).
Dans ce budget, l'accent est mis sur la modernisation des exploitations et la maîtrise des pollutions. Ainsi l'aide à la rénovation des bâtiments d'élevage et le programme de maîtrise des pollutions d'origine agricole (PMPOA) se voient dotés respectivement de 45 et 39 millions d'euros. Autre priorité, le développement de l'emploi en milieu rural avec notamment l'objectif du versement de 6.000 dotations jeunes agriculteurs (DJA) pour faciliter la relève d'une profession vieillissante. Pour conforter le nouveau système privé d'assurance-récolte, auquel ont souscrit 70.000 exploitants la première année, la dotation de l'Etat va doubler à 20 millions d'euros contre 10 en 2005. La FNSEA, le principal syndicat agricole, avait réclamé l'an dernier un minimum de 30 millions.
Comme les années précédentes, aucune somme n'est affectée au Fonds national de garantie des calamités agricoles (FNGCA) en dépit du fait que l'Etat va devoir y verser une importante somme pour la sécheresse de 2005 même si celle-ci devrait être inférieure aux 600 millions d'euros payés en 2003. Enfin, le ministère se fixe pour objectif en 2006 de ramener le coût de gestion des aides à 6,5% du montant des aides versées et aussi de réduire le montant des pénalités financières infligées par Bruxelles à la France pour non-respect des régles communautaires.
