Le texte défendu par le ministre de l'Agriculture Dominique Bussereau, qui était examiné en procédure d'urgence, a fait le plein des voix UMP et UDF. Comme à l'Assemblée, les groupes PS et PCF, tout en ayant activement participé par leurs amendements à son élaboration, ont voté contre. La procédure d'urgence signifie qu'il n'y aura pas de deuxième lecture. Il reviendra à une commission mixte paritaire (CMP), composée de 14 députés et sénateurs, d'en harmoniser les deux versions. Plus de 200 amendements, sur les 763 initialement déposés, ont été votés, sans bouleverser l'économie générale du texte, dont l'objectif affiché est de moderniser l'agriculture française pour l'adapter à la réforme de la Politique agricole commune (PAC), devant entrer en vigueur au 1er janvier 2006.
Parmi les principales modifications introduites par les sénateurs, le fonds agricole fera l'objet d'une déclaration "au Centre de formalités des entreprises (CFE) compétent" plutôt qu'à "l'autorité administrative", une mesure de simplification. Le bail rural, devenu cessible hors du cadre familial, devra avoir été détenu pendant un minimum de trois ans, afin d'éviter "la signature de baux de complaisance". La possibilité introduite par les députés de déroger à la "règle de réciprocité", qui impose une distance de 100 mètres entre bâtiments d'élevage et maisons d'habitation afin de prévenir les conflits de voisinage, a été supprimée. Un statut de conjoint d'exploitant agricole ouvrant droit à une couverture sociale a été créé, calqué sur celui du conjoint de chef d'entreprise. En outre, les agriculteurs ayant cotisé à d'autres périodes de leur vie au régime général des retraites deviendront éligibles aux revalorisations mises en place pour les retraites agricoles.
Les exploitations agricoles d'au moins 50 salariés seront soumises au versement du "1% logement" en vigueur dans les autres secteurs économiques, et l'assurance récolte, créée au début de l'année, sera progressivement étendue "à l'ensemble des productions agricoles". S'agissant des emballages plastiques, dont les députés avaient voté l'interdiction au 1er janvier 2010, la mise en oeuvre de cette disposition a été renvoyée à un décret. Les sénateurs l'ont toutefois limitée aux "sacs de caisse à usage unique en plastique non biodégradable". La possibilité d'apposer la dénomination "montagne" sur un produit bénéficiant par ailleurs d'une appellation d'origine contrôlée (AOC), introduite dans le texte par les députés, a été abolie pour éviter de créer "une confusion dans l'esprit du consommateur".
Justifiant le vote négatif de son groupe sur ce projet de loi, Jean-Marc Pastor (PS, Tarn) a dénoncé une politique "plus soucieuse d'obtenir des performances économiques sur les marchés extérieurs à l'Union européenne que de défendre une agriculture diversifiée et vivante sur l'ensemble du territoire". Gérard Le Cam (PCF, Côtes-d'Armor) a estimé que ce texte s'inscrivait "totalement dans la logique de l'OMC, qui préconise des prix agricoles mondiaux extrêmement bas, ne permettant pas aux agriculteurs français de survivre".
