Bruxelles reproche à la France de ne pas s'être conformée à un arrêt rendu par la Cour en 2003, lui demandant alors d'appliquer une directive (loi européenne) sur l'utilisation en laboratoire de micro-organismes génétiquement modifiés. Cette directive a pour objet de protéger l'environnement et la santé humaine des dangers potentiels des essais biotechnologiques en laboratoires. Suite à ce jugement de 2003, la Commission a envoyé aux autorités françaises plusieurs lettres leur rappelant la nécessité de mettre en place un système assurant l'utilisation sans danger de ces micro-organismes.
Mais la France n'a pas correctement ni entièrement transposé cette directive, selon Bruxelles. En particulier, elle n'a pas établi de plans d'urgence pour la population avoisinante en cas d'accident. Si la Cour suivait la Commission, l'astreinte journalière serait applicable dès le jour de la condamnation.
