Créé en 1966 pour accompagner la modernisation des exploitations agricoles, le CNASEA a évolué pour devenir l'organisme payeur unique de toutes les aides publiques du "deuxième pilier de la PAC" (Politique agricole commune). Le "premier pilier" est constitué par les aides directes. Le CNASEA, dont le siège est à Limoges, gère avec un outil informatique des plus modernes les aides à l'agriculture, la pêche et le développement rural. Il met en oeuvre la part française du programme européen Natura 2000. L'organisme assure également la gestion et le paiement du programme communautaire de développement local et d'aménagement du territoire ainsi que le paiement de l'ensemble des mesures "emploi du Plan de cohésion sociale".
La compétence du "plus méconnu des organismes de paiement" s'étend à la rémunération des stagiaires de la formation professionnelle pour le compte de l'Etat et des régions ainsi qu'à l'instruction des dossiers de la Validation des acquis de l'expérience (VAE) dans le secteur sanitaire et social. Au total, le CNASEA distribue 2 milliards d'euros par an. Bien qu'à l'horizon 2013, la loi d'orientation agricole ait prévu de confier les soutiens des premier et deuxième piliers de la PAC à un seul organisme verseur, l'Agence unique de paiement, M. Bussereau a assuré que l'existence du CNASEA ne serait pas remise en cause et qu'il "reste à définir un mode de convergence" entre les deux organismes. "Il n'y a pas de crainte à avoir sur l'avenir de ce siège moderne", a-t-il déclaré aux élus de Limoges et du Limousin qui avaient mené une bataille longue de douze ans pour l'accueillir.
