Le tribunal a rappelé que les mesures d'autorisation portant sur la culture d'OGM relèvent de la compétence exclusive des ministres de l'Agriculture et de l'Environnement. L'arrêté pris par le maire de Watwiller interdisait pour un an à partir du 16 juin 2005 les cultures en plein champ de plantes génétiquement modifiées, notamment de maïs (seule variété autorisée actuellement), dans un rayon de 400 mètres autour de la ville et dans la limite du territoire communal. Le maire, un ingénieur agronome de 51 ans, avait pris cet arrêté à la demande d'un agriculteur biologique et biodynamique, Fernand Krust, qui exploite une vingtaine d'hectares sur la commune, ainsi qu'en raison de la présence de sources d'eau minérale.
Considérant qu'aucune culture ou projet de culture d'OGM n'est signalé sur la commune, le tribunal a estimé que le maire ne pourrait se substituer aux autorités ministérielles qu'"à condition que des circonstances particulières attestent d'un danger grave et imminent". "L'affaire ne s'arrêtera évidemment pas là", a déclaré Jacques Muller à l'AFP, précisant que le commissaire du gouvernement lui "a donné raison sur le fond, mais tort sur la forme". "J'ai deux pistes : celle de faire appel et de saisir le cas échéant le Conseil d'Etat et la Cour européenne, ou celle de saisir directement le ministre", a-t-il précisé. M. Muller annoncera sa décision le 4 mai prochain après que le dossier aura été évoqué en Conseil municipal.