Quelque 500 amendements ont été déposés, pour partie sur le volet agricole. Sur proposition du rapporteur Bruno Sido (UMP, Haute-Marne), un amendement de la Commission des affaires économiques du Sénat propose de rabaisser à 0,5 euro (au lieu de 1 euro) par tonne de boue sèche produite, le taux plafond du prélèvement alimentant le fonds de garantie des boues d’épandage. En matière de redevance « élevage », le rapporteur propose de fixer un taux unique à l’échelle nationale (3 euros/UGB) sans faire de distinction entre zones de plaines et zones de montagne.
Le seuil de perception de la redevance est abaissé de manière uniforme à 90 UGB et ne s’applique qu’aux exploitations ayant un chargement supérieur à 1,4 UGB par hectare. Il est en outre proposé d’instaurer une franchise de perception pour les 40 premières UGB. Concernant la redevance pour « pollutions diffuses », Bruno Sido suggère de limiter l’assiette de la redevance aux seules substances chimiques non-organiques ; la mesure pourrait cependant se voir contrée par un amendement gouvernemental. La Commission des Affaires économiques propose enfin de rétablir l’article obligeant le préfet à arrêter la liste des cours d’eau le long desquels les critères d’écoconditionnalité de la PAC imposent l’implantation de bandes enherbées.