Le tribunal a mis son jugement en délibéré au 19 octobre. Le procès s'est déroulé sans incidents et en présence d'une centaine de militans anti-OGM, dont le leader altermondialiste José Bové qui a estimé à l'issue de l'audience qu'on "était très clairement dans un procès politique". C'était selon lui, "le premier procès qui avait lieu pour un fauchage de maïs OGM commercial". Il a également estimé que les trois prévenus "avaient été pris en otage pour essayer de discréditer le mouvement". Le procès a enfin permis "de montrer l'illégalité des OGM, la dangerosité" de ces maïs qui avaient "pollué" les plantations voisines, a-t-il estimé.
La défense avait cité à la barre cinq témoins dont un chercheur au CNRS, Jean-Marc Beaumatin, expert en toxicité des OGM, et un paysan semencier, Philippe Catinaud, membre du Collectif Aquitaine Avenir sans OGM, qui a présenté une étude montrant selon lui la pollution des champs voisins. "Nous sommes dans une enceinte de justice, pas à l'Académie des sciences ni à l'Assemblée nationale", a souligné le procureur. "Nous sommes des magistrats avec une seule légitimité: faire appliquer la loi", a-t-il ajouté. Pour la partie civile, Me Maï Le Prat, ces trois jeunes gens doivent être condamnés en tant que "délinquants qui ont saccagé la propriété d'autrui", réclamant 32.000 euros de dommages et intérêts. Ils ont été "instrumentalisés par un mouvmeent syndicaliste", a-t-elle estimé.
Pour la défense, Me Marie-Christine Etelin a souligné que c'était le "premier procès concernant la destruction d'un champ commercial, planté à partir d'une semence qui a obtenu une autorisation il y a une dizaine d'années, et qui a contaminé les champs voisins". Deux-cent-cinquante à 300 faucheurs volontaires, parmi lesquels José Bové, avaient détruits le 2 septembre 15 hectares de mais OGM.