L'avocat général a requis trois mois de prison avec sursis, une peine semblable à celle demandée par le parquet en première instance. Celui-ci avait fait appel de la relaxe prononcée par le tribunal de Versailles au nom de "l'état de nécessité". Selon l'avocat général, "retenir l'état de nécessité dans de telles conditions apparaît difficile car sans certitude de danger il n'y a pas état de nécessité". La défense a reconnu que si "le danger des OGM sur la santé n'était pas encore vérifié avec certitude, le danger sur l'environnement et la survie économique des paysans était avéré".
"A ce titre, l'état de nécessité est justifié", a déclaré Me François Roux, avocat des neuf prévenus qui a appelé la cour à "s'inscrire dans l'Histoire". "Vous avez la chance de juger ces paysans et de trancher un grand débat de société", a-t-il lancé à la cour. "Faîtes évoluer le droit", a-t-il ajouté en faveur de ceux qu'il a baptisés les "résistants modernes".