La Cour considère que "la baisse des taux d'intérêt a fortement réduit l'avantage des prêts bonifiés (significatif pour les agriculteurs à l'époque où les taux dépassaient 15%), alors qu'ils ne constituent plus une condition de l'installation des jeunes agriculteurs ou une incitation déterminante à l'investissement, pour lesquels il existe aujourd'hui d'autres dispositifs". Le dispositif des prêts bonifiés agricoles a entraîné depuis 1961 des dépenses publiques d'environ 15 milliards d'euros, mais malgré les critiques qu'elle avait émises, la Cour constate qu'"aucun des contrôles prévus par les réglementations nationales et européennes n'a été mis en oeuvre jusqu'en 2005".
Dans leur réponse, les ministres de l'Economie et du Budget affirment qu'il "conviendrait, au-delà d'une renégociation des frais bancaires, de fixer un écart de taux minimum afin de limiter la part de la rémunération des banques dans les dépenses afférentes à ces dispositifs d'aides". Mais, "en tout état de cause, il conviendra, comme le ministre de l'Agriculture l'a annoncé lors du débat sur le projet de loi de finances pour 2007 au Sénat, de réétudier très rapidement la mécanique de ces prêts". Pour le ministre de l'Agriculture "les prêts bonifiés à l'agriculture ne représentent que 15% de l'ensemble des prêts bancaires du secteur agricole et on ne peut leur imputer la responsabilité de l'endettement des agriculteurs".
Les prêts bonifiés à l'agriculture représentaient en 2004 un encours de 7 milliards d'euros, des engagements annuels supérieurs à 600 millions et une charge budgétaire annuelle, correspondant au paiement des bonifications d'intérêt, voisine de 200 millions. La Cour des Comptes fustige également les aides d'urgences aux différents secteurs agricoles. "Au lieu d'accorder dans l'urgence des aides parfois peu justifiées, il serait préférable de mettre en place un ou plusieurs dispositifs permanents de couverture des agriculteurs contre les risques auxquels ils sont exposés". La Cour souligne que "la réforme de la PAC (Politique Agricole Commune), en les soumettant davantage aux fluctuations des prix de marché, rend de tels dispositifs encore plus utiles".
Toutefois l'institution reconnaît que "la France en a fait une priorité dans son mémorandum de mars 2006 aux ministres européens de l'Agriculture" et que "la loi d'orientation agricole de 2006 comporte aussi des dispositions allant dans ce sens". Enfin, la Cour épingle les chambres d'agriculture corses qui "font preuve d'une dangereuse générosité", dans le recouvrement des créances, "quand il s'agit de faire payer leurs débiteurs, qui sont souvent des organismes professionnels ou des agriculteurs".
