Le procureur de la République Francis Battut a estimé, dans son réquisitoire, qu'"il y avait eu effectivement voie de fait et entrave à la liberté de travailler". Il a requis une peine d'amende de 3000 euros "dont une grande partie avec sursis" pour chacun des prévenus. Expliquant ce qu'était une voie de fait, "tout acte d'intimidation qui exprime la crainte", il a fait allusion à la liberté des militants de manifester. "Invoquer la liberté des militants anti-OGM c'est respectable, mais il y a d'autres libertés. Toutes les libertés doivent être protégées. La liberté du travail, c'est quelque chose d'essentiel", a-t-il affirmé. "Les salariés de la société, respectez-les. Respectez leur liberté de travail", s'est exclamé Francis Battut.
De son côté, l'avocat de Monsanto, Alain Pouchelon, a rappelé que "Monsanto a(vait) subi des dommages de plus de 10.000 euros" et a demandé 20.000 euros de dommages et intérêts, plus 10.000 euros de frais de procédure. "Il y a eu des voies de fait particulièrement fortes, des portails ont été détériorés, des salariés injuriés, en état de choc. Une véritable entrave à la liberté du travail", a souligné Me Pouchelon.
Le procès en correctionnelle des 5 militants, dont José Bové, convoqués au tribunal pour entrave à l'exercice de la liberté du travail, faisait suite à une action, le 13 avril 2006, chez le semencier Monsanto à Trèbes (Aude), près de Carcassonne. Il a été élargi en pleine audience à 30 prévenus, vingt-cinq personnes s'étant déclarées "comparants volontaires", assurant avoir participé à cette action qui avait regroupé au total une centaine de militants anti-OGM.