Sur les 170 articles de ce vaste texte, 58 faisaient l'objet d'un désaccord et étaient donc à l'agenda d'une commission mixte paritaire (sept sénateurs, sept députés). Mais l'échec a été constaté dès l'article 2 qui posait le « principe de non-régression du droit de l'environnement », supprimé par les sénateurs, mais jugé « fondamental » par le président de la commission du Développement durable à l'Assemblée Jean-Paul Chanteguet (PS). Son homologue au Sénat Hervé Maurey (UDI-UC) a dit lors d'une conférence de presse avoir « eu le sentiment que les députés avaient la volonté de ne pas arriver à un accord ».
« Il y a une vraie frustration car si on a fait ce travail ce n'est pas pour aboutir à un échec », a déploré de son côté le rapporteur LR au Sénat Jérôme Bignon. Mais pour Jean-Paul Chanteguet, les désaccords étaient « trop nombreux » et « l'échec de ce matin permettra à l'Assemblée d'avoir le dernier mot et d'aboutir à un véritable texte de reconquête de la biodiversité ».
« Nous étions confrontés à une vision anthropomorphique et utilitariste de la biodiversité pour répondre à des besoins de loisirs comme la chasse », a déploré à ses côtés la rapporteure à l'Assemblée Geneniève Gaillard (PS), devant la presse.
Parmi ces désaccords figure notamment l'interdiction totale des pesticides néonicotinoïdes (tueurs d'abeilles) votée par l'Assemblée pour septembre 2018. Alors que le gouvernement militait pour 2020, le Sénat n'a pas voulu fixer de date.
Dans un entretien au Monde daté de jeudi, la secrétaire d'Etat à la biodiversité, Barbara Pompili, rappelle que le gouvernement, après s'être divisé sur cette question entre les ministères de l'agriculture et de l'environnement, propose « d'interdire, au plus tard en 2018, les néonicotinoïdes pour lesquels existe une alternative avant une interdiction complète en 2020 ». M. Chanteguet a espéré que l'Assemblée maintienne l'interdiction complète dès septembre 2018, mais rappelé que c'était passé à « deux voix » lors de la précédente lecture.
Autre divergence majeure, « le principe de compensation » lorsqu'on ne peut éviter les atteintes à la biodiversité. Les sénateurs voulaient qu'un opérateur public puisse continuer un projet - même s'il n'est pas en état de compenser -, les députés veulent que le projet s'arrête.
Les parlementaires étaient également en désaccord sur la réforme de la gouvernance des agences de l'eau, la taxation de l'huile de palme pour supprimer l'avantage fiscal actuel, la création de corridors écologiques, etc. Députés et sénateurs auraient cependant, selon Mme Gaillard, pu trouver un accord sur la création d'un régime de réparation du préjudice écologique.
M. Chanteguet a souhaité un vote définitif à l'Assemblée avant fin juillet pour que la nouvelle Agence française pour la biodiversité puisse fonctionner début 2017. « Ma volonté est qu'elle soit adoptée avant l'été, mais je ne suis pas certaine que le calendrier le permettra », a averti Mme Pompili. Le « temps long » sur ce projet de loi, présenté en 2014, s'explique par « le rôle des lobbies, en particulier des chasseurs, et leur collusion avec des députés de droite et de gauche », selon M. Chanteguet.
