La Cour des comptes recommande « d'encourager la fusion des chambres départementales » et de « réduire le nombre des élus au sein des sessions des Chambres d'agriculture en supprimant les collèges 4 (anciens exploitants) et 5 (groupements professionnels agricoles) ». La Cour dénonce notamment « une restructuration insuffisante qui ne met pas les Chambres en situation de mieux mobiliser leurs moyens en faveur des agriculteurs », ainsi qu'une « maîtrise insuffisante des charges, au premier rang desquelles la masse salariale ».
Les Chambres d'agriculture n'ont pas été astreintes à la règle du non remplacement d'un départ en retraite sur deux, et entre 2009 et 2014, le nombre d'agents a augmenté de 5 % et les frais de personnel de 13 % selon le document.
« La question de l'opportunité du maintien de ces établissements doit être posée au cas par cas : ceux engagés dans la mise en œuvre des programmes de massif montagneux disposent par exemple d'une forte légitimité puisqu'ils interviennent sur des territoires spécifiques », indique le ministère de l'agriculture dans sa réponse.
Le président de l'assemblée permanente des Chambres d'agriculture assure pour sa part que les Chambres d'agriculture « s'emploient à rationaliser leurs moyens et à les redéployer en priorité au bénéfice de l'accompagnement de proximité des agriculteurs ».
