Le ministre de l'Agroalimentaire Guillaume Garot a évoqué « une figure énergique de l'agroalimentaire français », un « homme chaleureux, attachant et entreprenant, défenseur opiniâtre de l'élevage du monde agricole et des filières agroalimentaires ». Guillaume Garot, qui a exprimé « une grande tristesse », a rappelé que l'ancien dirigeant syndical était également président de la Sopexa, organisme de soutien aux exportations françaises, et président de « la toute récente association de solidarité » Solaal, fondée par la Fnsea pour organiser l'aide alimentaire au profit des plus démunis
Après son président Xavier Beulin, « bouleversé » par ce décès, la FNSEA a salué un homme « responsable et militant ancré dans le réel et l'actualité », qui « a su faire intégrer le secteur de la production agricole dans les filières alimentaires et le dialogue social, donnant ainsi une image moderne et volontaire au syndicalisme agricole ». « Dynamique, respectueux de chacun, il s'est fait accepter de tous (...) Jean-Michel Lemétayer a ainsi posé les fondations du syndicalisme agricole du XXIe siècle et tous les paysans doivent lui en savoir gré », a conclu le syndicat qu'il avait dirigé pendant près de 10 ans, de 2001 à 2010.
Jérôme Despey, secrétaire général adjoint de la FNSEA et responsable de la filière viticole, a salué un homme « convivial et dynamique » et rappelé son « soutien inconditionnel pour la défense de nos productions méditerranéennes » .
L'Association nationale des industries alimentaires (Ania) a rendu « hommage » à Jean-Michel Lemétayer pour l'« engagement et la ténacité de ce grand dirigeant dans les nombreux combats qu'il a menés pour défendre les intérêts du monde agricole ». « Jean-Michel Lemétayer a largement contribué à favoriser le rayonnement des savoir-faire et des produits alimentaires français, bien au-delà de nos frontières.»
La Fédération des entreprises du commerce et de la distribution (FCD) a exprimé sa « très grande émotion ». « Tout au long de sa vie syndicale, Jean-Michel Lemétayer a défendu avec passion et conviction les intérêts de l'agriculture française. C'était un homme sincère, attachant, toujours plein de projets au service des autres. »
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