Ancien élève de l'Ecole polytechnique et ingénieur général des mines Guy Paillotin a commencé sa carrière en 1966 au Commissariat à l'énergie atomique (CEA). En 1991, il devient président du conseil d'administration de l'Inra, et sera renouvelé dans ses fonctions en 1995.
« Il aura marqué l'Inra comme réformateur de son organisation, ardent promoteur d'un nouveau contrat entre l'agriculture et la nation et d'un dialogue renouvelé entre sciences et société, il a su faire prendre à l'Inra le virage des biotechnologies », indique l'Institut dans un communiqué.
De 2002 à 2007, il préside le conseil d'administration de l'Agence française de sécurité sanitaire environnementale (AFSSE) devenue en septembre 2005 l'Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail (AFSSET). Parallèlement, de 2004 à 2012, il est membre de l'Académie d'agriculture de France.