Le site a été bloqué de dimanche soir à lundi en milieu de journée par des agriculteurs protestant contre l'importation de produits agricoles pour le fonctionnement de la bioraffinerie ne respectant pas les normes imposées en France et en Europe. « Nous n'avons pas obtenu ce que nous voulions, on ne se sent pas aidé, mais les agriculteurs sont fatigués et sont obligés de retourner travailler », a déclaré à l'AFP Jean-Paul Comte. Depuis dimanche soir, jusqu'à une cinquantaine d'agriculteurs barraient l'entrée du site obligeant les camions de l'usine à faire demi-tour, seuls les salariés pouvaient entrer.
En avril 2015, sur un marché européen du raffinage alors plombé par des surcapacités, en annonçant la future reconversion du site de La Mède, la direction de Total avait vanté un plan « résolument tourné vers l'avenir » via un investissement total initial de 600 millions d'euros - 200 millions à La Mède, et 400 pour moderniser une autre raffinerie, celle de Donges, en Loire-Atlantique. Mais l'annonce entraîne un mouvement de grève sur le site à l'appel de la CGT, qui appelle aussi au blocage des stations-service Total.
Finalement, Total revendiquera un investissement total de 275 millions d'euros pour convertir La Mède, qui cesse de raffiner du pétrole brut fin 2016, et installe sur le site un dépôt pétrolier, une ferme solaire, un centre de formation et la bioraffinerie elle-même, qui doit à terme produire 500 000 tonnes de biodiesel par an. Dès le départ, le projet s'attire des critiques d'associations écologistes : en juin 2015, les amis de la Terre s'inquiètent de la consommation prévue d'huile de palme, appelant la ministre de l'écologie de l'époque Ségolène Royal à « prendre position » contre le projet.
En avril dernier, les amis de la Terre et Greenpeace diffusent un document de la préfecture des Bouches-du-Rhône détaillant le plan d'approvisionnement en huiles de l'établissement, et dénoncent un projet « qui fera bondir les importations françaises d'huile de palme de 64 %, (qui) démontre l'incohérence totale du gouvernement français », alors que la production d'huile de palme est régulièrement dénoncée pour les ravages écologiques qu'elle cause dans les pays producteurs. Un maximum de 300 000 tonnes de cette huile, exploitée au prix de la déforestation en Malaisie ou en Indonésie et présentant un très mauvais bilan carbone, fera tourner la bioraffinerie de Total à La Mède. « Cette décision va faire chuter le prix de colza », a fustigé lundi Jean-Paul Comte Comte, alors que le gouvernement a annoncé dans la foulée qu'il ne « reviendrait pas » sur l'accord scellé avec le groupe Total. Les agriculteurs qui manifestent devant 14 raffineries ou dépôts de carburant protestent plus globalement contre l'importation de produits agricoles ne respectant pas les normes imposées en France et en Europe
