Les espèces végétales et animales menacées et les habitats naturels remarquables sont protégées par deux directives communautaires sur la conservation des oiseaux sauvages et des habitats.
La liste des espèces et des habitats est consultable sur la base de données du site du muséum national d’histoire naturelle : http://inpn.mnhn.fr/ (rubrique : « Recherche/Natura 2000/ Espèces ou habitat »).
Deux points de contrôle ont été définis et sont vérifiés.
Point de contrôle 1 : Respect des mesures de protection des espèces animales et végétales protégées et de leurs habitats. Cette exigence s’applique à l’ensemble du territoire.
Il est vérifié que, sur l’année civile en cours et dans le cadre de son activité agricole ou sur les terres qu’il exploite, l'exploitant n'a pas détruit ou intentionnellement perturbé (remettant en cause la conservation dans un état favorable) une ou plusieurs espèces protégées et menacées. Il sera également vérifié qu'il n'a pas détruit un habitat ou un site de reproduction d'une espèce protégée et menacée.
Point de contrôle 2 : Respect des mesures de protection des habitats naturels et des espèces dans les sites Natura 2000. Cette exigence vise à vérifier la procédure d'évaluation des incidences de certains travaux ou interventions sur les sites Natura 2000. Elle s’applique uniquement dans les sites Natura 2000 désignés par arrêté ministériel.
Le code de l’environnement prévoit, en effet, que les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations susceptibles d'affecter un site « Natura 2000 », individuellement ou en raison de leurs effets cumulés, doivent faire l'objet d'une évaluation des incidences sur les sites Natura 2000. Il est vérifié que, sur l’année civile en cours et dans le cadre de son activité agricole ou sur les terres qu’il exploite, l’exploitant n'a pas effectué de travaux ou interventions propres à affecter un site Natura 2000 sans avoir obtenu une autorisation de l'autorité administrative compétente.
